孙元良自然也是参加了这一次的南京保卫战的，在补充了一定的兵员后，他的队伍被安排在了中华门、雨花台附近。

这里在南京来说是相当重要的，因此敌人也将重点放在了这片地区，双方战斗非常之激烈。
虽然国军战士们拼死反抗，但奈何日军不仅人数多，而且装备还好，掏出各种飞机大炮对国军防线进行狂轰乱炸。
炸到最后，更是直接开着坦克，就要压过这里。
当时国军虽然装备还算可以，但手上并无反坦克武器，最终不敌日军，防线被直接凿穿。
孙元良对此确实没有什么办法，只能尽可能安排伤员离开南京，而孙元良自己，则在南京艰难求生一个月后，最终才想了办法离开了南京城。
当时有传言说，孙元良是勾搭了一位青楼的老鸨，给对方拿了钱，跟着青楼女子们一同混出了南京城。
而孙元良本身这个就擅长交际，参与各种社交活动，也常常光顾青楼，沾花惹草更是常事，所以这一传言可以说很有可信度，也成为了孙元良这个风流韵事的一部分。

但孙元良到底是如何顺利离开南京，躲开了后来惊世骇俗的南京大屠杀的，却没有个真正的说法，就连他自己在老年写书之时，对这段经历也语焉不详，一笔带过。
因此，才有越来越多人相信，孙元良离开南京的方法没有那么干净、体面。
不过，孙元良比起风流史，更让人印象深刻的，还是他的“逃跑史”。南京撤离后，孙元良坐了许久冷板凳，才重回战场，或许是多年不上战场了，孙元良的想法已经有所变化，眼看着要是打不过，那就想办法跑。
淮海战役中，杜聿明想要撤退逃跑的办法，就是孙元良给他出的，虽然本来杜垏明自己也有此考虑，但没有孙元良的出谋划策，或许他还做不到跑的如此之快。
孙元良自己后来被我军俘虏，因为他多年没有出现，战士们认识他的不多，他便把自己伪装成一个低级军官，顺利跑掉了。
可以说，他的一身本领，基本都点在了“跑”上。
国民党兵败前往台湾后，孙元良再次被排斥出了国民党核心，本来就已经心灰意冷的他选择彻底退役从商，还在日本开过面馆。
直到蒋介石都已经死了4年，他才回到台湾继续做生意。晚年的孙元良几乎不提战争往事，但还是将过去的故事记录了下来，成为了相当珍贵的史料。
2007年，103岁高龄的孙元良去世，一生功过荣辱，也随着老将的安眠而成了过往云烟。